La Asociación nace a raíz de los terremotos de El Salvador del año 2001 con el afán de ayudar a la población más vulnerable de dicha catástrofe. Se empieza por llevar alimentos y ropa a diferentes cantones que resultaron mayormente afectados. Rápidamente se da cuenta que esa ayuda aún no es suficiente, por lo que decide organizarse como ONG y nace oficialmente la Asociación Manos Amigas.

Sus primeros proyectos se realizan en Santa Lucía de Los Palones, Panchimalco. Se inició con un pequeño taller de artesanías, capacitando y empleando a 4 mujeres cabeza de hogar. También se construyeron viviendas permanentes, se instaló una clínica de atención médico-primaria en la Casa Comunal y se desarrollaron jornadas médicas con el Hospital Universitario de Winthrop con el fin que norteamericanos conocieran mejor nuestra idiosincrasia.

Posteriormente, en el año 2003, la Asociación traslada su proyecto al Cantón Miraflores, en el municipio de San Luis Talpa, en donde se ha construido un taller de artesanías elaboradas con morro que genera empleo fijo a 18 mujeres cabeza de hogar, una panadería, que emplea a 6 personas, una clínica de salud con atención médica primaria y nutricional y la construcción y entrega de viviendas permanentes con sus respectivas letrinas aboneras.